Folco Quilici è nato a Ferrara nel 1930 da Nello Quilici, storico e giornalista e Mimì Buzzacchi, pittrice.

Suoi film dedicati al rapporto tra uomo e mare, sono stati distribuiti nel mondo : Sesto Continente (Premio Speciale alla Mostra del Cinema di Venezia del 1954), Ultimo Paradiso (Orso d'Argento al Festival di Berlino del 1956), Tikoyo e il suo pescecane (Premio Unesco per la Cultura del 1961), Oceano (Premio Speciale Festival di Taormina del 1971 e Premio David di Donatello 1972), Fratello Mare (Primo Premio al Festival Internazionale del Cinema Marino, Cartaghena, 1974) e Cacciatori di Navi, 1991 (Premio Umbria Fiction, 1992).

Da ricordare inoltre suoi film culturali di medio metraggio di particolare impegno presentati fuori concorso alla Mostra del Cinema di Venezia: Gauguin (1957), L'angelo e la Sirena (1980). Di grande successo: La Primavera del Botticelli, 1982. Nel 1970 ha editato tre film I Mille giorni di Firenze, sull'alluvione del 1967 e l'opera di salvezza del patrimonio culturale. Folco Quilici ebbe la nomination all'Oscar nel 1971, per Toscana uno dei quattordici film de l'Italia dal Cielo alla quale hanno collaborato nomi di massimo prestigio come Calvino, Sciascia, Silone, Praz, Piovene, Comisso. Nel 2000, per Arté i lungometraggi Kolossal 82002) e Il Mondo di Pinocchio(2003). Nel 2004, per il Luce, il lungometraggio L'Impero di Marmo, (Premiato al Festival Internazionale del Cinema archeologico Agon, Grecia, nel 2006).

L'attività di Folco Quilici nel campo del cinema culturale, ha trovato vasto spazio in programmi televisivi, in Italia e all'estero. Da Tre volti del deserto (1957), Alla scoperta dell'Africa (1964/1965), Malimba (1966), India (1966/1967), alle cooproduzioni europee in più puntate: Islam (1968/1969), Alba dell'uomo (1970/1975), Mediterraneo (1971/1976), I mari dell'Uomo (1971/1974), L'Uomo Europeo (1976/1980), Festa barocca (1980/1982), La Grande Epoque (1983/1985), Il rischio e l'obbedienza (1992/1992), Archivi del tempo (1988/1993), L'Avventura e la Scoperta (1990/1993), Viaggi nella Storia (1992/1993), Arcipelaghi (1993/1995), Italia Infinita (1996/2002), Alpi (1998/2004), Di Isola in Isola (2004/2005).

Per i tredici film della Serie Mediterraneo e gli otto di Uomo Europeo Quilici ebbe a fianco, il grande storico Fernand Braudel e l'antropologo Levi Strauss. Con L'archeologo Sabatino Moscati Quilici ha realizzato due Serie dedicate all'archeologia subacquea (Mare Museo - 1988-1992); Fenici, sulle rotte di porpora 1987-1988). E ha prodotto con l'archeologo George Vallet, I Greci d'Occidente. Dal 1992 al 1999 ha diretto L'Italia del XX secolo, 65 film su testi degli storici De Felice, Castronovo e Scoppola.

Dal 1971 al 1989 ha diretto e curato la rubrica GEO Rete 3, RAI.

Dal 2002 collabora con importanti Serie televisive a Sky (Marco Polo); per queste trasmissioni è stato dichiarato "personaggio dell'anno" nel 2006.

Per il suo impegno nella TV culturale ha ricevuto il Premio della Critica Francese per Mediterranéé, il Premio della Critica italiana per India (1966) e a Alba dell'Uomo (1975) e Festa Barocca (1983). Del 1995 è la "Targa d'Oro Europea del cinema storico-culturale". Nel 1976 è stato premiato al "Festival del Popoli per il suo lavoro sul mondo primitivo.

Parallelamente al suo impegno come autore cinematografico, dal 1954 in poi ha pubblicato in Italia e all'Estero, numerose opere di saggistica, Mala Kebir (1955), Mille Fuochi (1964), Sesto Continente (1965), Gli ultimi primitivi (1972), Magia (1977), Il Riflesso dell'Islam (1983), L'Uomo Europeo (1983), India (1990), I Mari del Sud (1991), Il Mio Mediterraneo (1992), Le Americhe (1993), La mia Africa (1992), Tobruk 1940 (2004). Tra il 1976 e il 1979 ha diretto La Grande Enciclopedia del Mare. Nel '74/'75 coautore de La Mediterranee con Fernand Braudel. Con la moglie Anna, è anche autore di due biografie avventurose: Amundsen (1998) e Jack London (2000), "Premio Chianciano" e il "Premio Castiglioncello". Dal 2002 collabora a una serie di volumi, con Luca Tamagnini (Ed. Phoatlante) dedicati alle aree protette dei mari italiani.

Per la narrativa, anch'esse edite oltreché in Italia anche all'estero: Cacciatori di Navi (1985) tradotto negli Stati Uniti, Cielo Verde (1997), romanzo nella classifica dei più venduti in Italia, nel 1998 Naufraghi. Nel 1999 con il romanzo Alta Profondità, inizia il sequel composto da L'Abisso di Hatutu (2001), Mare Rosso (2002), (2003, il "Premio Scanno di Letteratura"), I Serpenti di Melqart (2003), La Fenice del Bajkal (2005).

Nel 1955 il Premio Marzotto di letteratura con Sesto Continente (tradotto negli USA) (rieditato nel 2000), con il Premio Malta nel 1981 per Mediterraneo, con il Premio Fregene nel 1985 per Cacciatori di Navi, il Premio Estense nel 1993 per Africa e il Premio Scanno di letteratura con Mare Rosso. Nel 1997 il "Premio Internazionale Cultura del Mare". E nel 2000 il "Tridente d'Oro alla Carriera", dall'Accademia delle Arti della Scienza Subacquea. Nel 2002, il Premio NEOS dall'Associazione Giornalisti di Viaggio. Con Corrado Ruggeri (nel 2006), il saggio "Sì, viaggiare".

Quilici collabora alla stampa italiana e internazionale, dal '54 con Life, Epoca, Panorama, Europeo, e con quotidiani, La Stampa e Il Corriere della Sera e Il Giornale. Ha vinto il "Premio Italia" di giornalismo (1969) e il "Premio Giornalistico Europeo" (1990).
Nel '94 ha vinto la "Penna d'oro" per i suoi servizi sull'America Latina. Nel '97 gli è stato conferito il "PremioCampidoglio per la Carriera, per il giornalismo culturale". E nel '99 il "Premio San Giorgio" per l'insieme dei suoi scritti. Nel 1983 gli è stata conferita dal Presidente Pertini la "Medaglia d'Oro" per meriti culturali.

Ha tenuto corsi all'Università di Bologna (1966-67) di Berlino (1991), al Centro Sperimentale di Cinematografia (1995), all'Università Cattolica di Milano (1998), alla Terza Università di Roma (2001-2002). All'Università di Padova (2004-2005). Dal 1985 al 1989 ha insegnato all' ORAO (Centro dell'Immagine Culturale); corsi ripresi nel 1997 e proseguiti nel 1998.

Dal febbraio 2003 al giugno 2006 è stato Presidente dell'ICRAM, Istituto Centrale per la Ricerca Scientifica e Tecnologica Applicata al Mare, e ha diretto i "quaderni scientifici" dell'Istituto. Precedentemente, dal '95 al '96, era stato Direttore del mensile "Mondo Sommerso".

E' tra i soci fondatori dell'H.D.S. (Historical Diving Society) e dell'Associazione Ambientalistica MAREVIVO. E' membro dal 2001 della SOCIETA' GEOGRAFICA ITALIANA.

Come fotografo che opera dal 1949, accumulando un archivio d'oltre un milione d'immagini a colori e in bianco e nero, ora affidate all'Archivio Alinari. Nel 1998, è stato dichiarato "Great Master for creative excellence" dall'International Photo Contest.

Nel 2006, grazie ai suoi film e ai suoi libri sull’ambiente e le culture, la Rivista FORBES ha inserito Folco Quilici tra le cento firme piú influenti del mondo.

Nel settembre 2008 gli è stato consegnato dal Ministro della Cultura Sandro Bondi il Premio "La Navicella d’Oro", conferitogli dalla Società Geografica Italiana. Con la seguente motivazione: "Folco Quilici in oltre mezzo secolo di costante attività professionale in ogni luogo del pianeta ha configurato un personale modello di cineasta-viaggiatore capace di esplorare e testimoniare con persuasivo rigore e poeticità i territori più rilevanti della cultura geografica, storica e artistica della società umana del passato e del presente, pervenendo a risultati stilistico-espressivi di notevolissimo valore e di ampia valenza comunicativa".